L'utilisation du programme est relativement simple.

Repérez tout d'abord l'emplacement du répertoire en lecture seule. Nous le nommerons "ro_dir".

Repérez de même l'emplacement du répertoire que vous souhaitez superposer au premier et qui sera en lecture/écriture. Nous le nommerons "rw_dir".

Le répertoire de montage est nommé "mnt_dir".

Si vous souhaitez que n'importe qui puisse accèder au répertoire, l'option (standard dans FUSE) est la suivante: -o allow_other.

Si de plus vous souhaitez effectuer un montage par dessus un répertoire ayant déjà un contenu, l'option à ajouter est: -o nonempty

La commande pour effectuer le montage à partir de la version 0.4 est:

funionfs -o dirs=ro_dir=RO:rw_dir -o allow_other NONE mnt_dir

Une autre façon de faire est:

mount -t fuse -o dirs=ro_dir=RO:rw_dir -o allow_other funionfs#NONE mnt_dir

Pour une version 0.3 ou antérieure de funionfs, la commande est:
funionfs rw_dir ro_dir mnt_dir -o allow_other

Vous pouvez maintenant effectuer des modifications dans le répertoire mnt_dir et vérifier les conséquences dans le répertoire ro_dir et rw_dir.